Toplam kalite yönetimi kimi durumlarda başarısızlığa uğrayabiliyor. Başarısızlığa giden yolun taşlarını ise, çoğu kez örgütsel yapının kendisi döşüyor. Başarısızlığın faturası kimi zaman üst ve orta yönetim kademesine kimi zaman da işgörenlere ait olabiliyor. Üst yönetimin bu konuda sıkça tekrarladığı hatalara değinecek olursak: Toplam kalite yönetimini kalite biriminin yetki ve görev alanı ile sınırlıymış gibi değerlendirmek, Yönetim anlayışının değiştirilmesine direnç göstermek, özellikle yetki devretmeme eğiliminde olmak ve sadece kişisel deneyimlerle yönetim yapmaya çalışmak, Departmanlar arası ilişkilerde rekabeti teşvik etmenin dozajını ayarlayamamak, Toplam kalite yönetimi içindeki bazı araçları toplam kalite yönetimi için tek başlarına yeterli görmek, hatta bunları toplam kalite yönetiminin kendisi zannetmek gibi hatalar öne çıkacaktır. Orta düzey yönetim kademesi de üst yönetim kademesi gibi bir takım hatalı davranışları ile uygulamayı baltalayabiliyor. Örneğin; Kendi aralarında sık sık yaşadıkları rekabet, Özellikle mühendis/uzman çevrelerin diğer işgörenlerin de teknik konulara müdahil olmalarını ve sorunların çözümüne etki edebilmelerini çekememeleri, Genel olarak alt kademelerin kol ve kafa emeği ile eskisine oranla süreçlere çok daha etkin katılımından duyulan rahatsızlık, Son olarak üst yönetim ile yaşanan yetki anlaşmazlıkları, orta kademe açısından ilk akla gelen başarısızlık sebepleri olarak dikkati çekiyor. İşgörenlerin başarıya olduğu gibi hiç şüphesiz başarısızlığa da katkıları olabiliyor. Örneğin, sistemin ne kadar insan odaklı olduğunu kavrayamamak, toplam kalite yönetiminin sıkıcı bürokratik bir gelenek tesis ettiğini düşünmek türünden olumsuzluklar örgütü başarısızlığa sürükleyebiliyor. Yalnız, tedarikçilerle doğru ilişkiler kurulamaması, tüm örgütün toplam kalite yönetimi felsefesini kavrayamamış olması, organizasyonel değişimlerin zamanında yapılamaması gibi diğer bazı faktörler de zaman zaman başarısızlığa sebebiyet verebiliyor.
